Het Mundaneum bezit een belangrijke collectie documenten over het anarchisme.

Deze werd oorspronkelijk opgebouwd door Walter Théodore Glineur (1887-?), een anarchist die vanaf de jaren 1930 bijdragen leverde aan het Mundaneum. De rijke collectie, daterend van de jaren 1840 tot het einde van de 20^e eeuw en daarna verder aangevuld, is vooral waardevol vanwege de specificiteit van het anarchisme. De versnipperde aard ervan en de blootstelling aan repressie maakt dat de bronnen vaak schaars en verspreid zijn.

Het Mundaneum heeft ook andere collecties over dit onderwerp, zoals een deel van het archief van Marcel Dieu (1902-1969). Dieu, bekend onder zijn pseudoniem Hem Day, was een centrale figuur in de Belgische anarchistische beweging.